Основной задачей Департамента является апелляционное урегулирование споров, возникающих при обжаловании документов (решений), принимаемых по результатам внутреннего государственного аудита и камерального контроля, а также действия (бездействия) уполномоченного органа по внутреннему государственному аудиту.