В рамках поручений, принятых на 25 сессии Ассамблеи народа Казахстана от 26 апреля 2017 года по открытию центров реабилитации жертв религиозного экстремизма и деструктивных течений постановлением акимата Алматинской области №596 от 29 декабря 2017 года при Управлении по делам религий создано коммунальное государственное учреждение «Центр по реабилитации жертв религиозного экстремизма и приверженцев деструктивных культов» со штатной численностью 25 единиц. Приоритетной целью и задачей Центра является реализация Концепции государственной политики в религиозной сфере на 2017-2020 годы и Государственной программы по противодействию религиозному экстремизму и терроризму на 2018-2022 годы. В настоящее время деятельность Центра направлена на:

• проведение адресной, точечной реабилитационной работы и охват психологической коррекцией и социальной адаптацией (ресоциализация) лиц подверженных влиянию радикальных и деструктивных религиозных течений и культов;
• реализация целевого индикатора «Снижение  численности лиц, разделяющих экстремисткие идеи, направленные на разжигание религиозной вражды или розни» в Программе развития территорий.
• организация  теологическо-психологических работ с лицами возвращенных в РК из зон террористических активности в рамках специальной операции «Жусан».
• проведение ресоциализационной и реабилитационной работы с лицами отбывающими и отбывшими наказание в учреждениях Департамента уголовно-исполнительной системы за экстремистские и террористические преступления;
• предотвращение нелегальной миграции на территорию Казахстана иностранных граждан, причастных к религиозному экстремизму и терроризму;
• проведение адресно-разъяснительной работы с отказавшимися в соблюдении единой формы в образовательных учреждениях, по религиозным мотивам и соблюдение других норм и принципов светского государства;
• оказание консультативной помощи обратившимся по телефону доверия;

Центр уже имеет четкий механизм отслеживания религиозной ситуации, оперативного реагирования, адаптированной методики реабилитации радикалов. Для оперативного реагирования и непосредственного взаимодействия на местах с советующими органами в районах окружающих мегаполис г. Алматы действует «Дислокационный сектор». Сектор эффективно осуществляет реабилитационные работы с адептами ДРТ и регулирует внутренние миграционные вопросы с городом Алматы. Со дня функционирования достигнуты значительные результаты по снижению не только числа лиц подверженных влиянию деструктивных религиозных течений, но и изменение радикальных взглядов их лидеров.