Отдел недропользования осуществляет следующие функции:

1) Организация проведения работы по заключению контрактов на общераспространенные полезные ископаемые;

2) организация проведения работы по выдачи лицензий на добычу общераспространенных полезных ископаемых и старательство;

3) осуществление контроля за исполнением условий выполнения контрактных обязательств недропользователями, осуществляющими проведение операций на общераспространенные полезные ископаемые совместно с уполномоченными государственными органами по изучению недр, по охране окружающей среды и промышленной безопасности;

4) осуществление контроля за исполнением условий лицензий недропользователями, осуществляющими добычу общераспространенных полезных ископаемых, на старательство совместно с уполномоченными государственными органами по изучению недр, по охране окружающей среды и промышленной безопасности;

5) подготовка документов, информаций, отчетов в ответ на поступающие запросы, а также рассмотрение в установленном порядке писем, жалоб, предложений и обращений физических и юридических лиц, касающихся вопросов недропользования;

6) подготовка заседаний экспертной комиссии по решению вопросов недропользования, Рабочей группы по проведению переговоров по внесению изменений и дополнений в контракт на недропользование;

7) регистрация договора залога права недропользования на разведку, добычу общераспространенных полезных ископаемых;

8) выдача разрешения на застройку площадей залегания полезных  ископаемых, а также размещения в местах их залегания подземных сооружений;

9) выдача заключения об отсутствии или малозначительности полезных ископаемых в недрах под участком предстоящей застройки;

10) выдача лицензий на старательство;

11) выдача разрешении на разведку или добычу общераспространенных полезных ископаемых, используемых для строительства (реконструкции) и ремонта автомобильных дорог общего пользования, железных дорог, находящихся в государственной собственности, а также для реконструкции и ремонта гидросооружений и гидротехнических сооружений

12)  создание комиссии по приемке результатов обследования или работ по ликвидации последствий операций по недропользованию;

13) участие в претензионно-исковой работе по вопросам, входящим в компетенцию Отдела;

14) хранение документов, связанных с деятельностью Отдела, и своевременная передача их в архив, а также своевременное наполнение электронного архива;

15) рассмотрение в установленном законодательством порядке переданных на исполнение обращений, запросов, предложений, откликов, сообщений физических и юридических лиц   по вопросам, относящимся к компетенции Отдела;

16) рассмотрение в установленном законодательством порядке служебных документов и документов, поступивших в рамках  информационного обмена между государственными органами, их структурными и территориальными подразделениями и должностными лицами по вопросам, относящимся к компетенции Отдела;

17) осуществление иных функций, возложенных на Отдел законодательством РК, а также актами Президента РК, Агентства и Управления.