Отдел недропользования осуществляет следующие функции:
1) Организация проведения работы по заключению контрактов на общераспространенные полезные ископаемые;
2) организация проведения работы по выдачи лицензий на добычу общераспространенных полезных ископаемых и старательство;
3) осуществление контроля за исполнением условий выполнения контрактных обязательств недропользователями, осуществляющими проведение операций на общераспространенные полезные ископаемые совместно с уполномоченными государственными органами по изучению недр, по охране окружающей среды и промышленной безопасности;
4) осуществление контроля за исполнением условий лицензий недропользователями, осуществляющими добычу общераспространенных полезных ископаемых, на старательство совместно с уполномоченными государственными органами по изучению недр, по охране окружающей среды и промышленной безопасности;
5) подготовка документов, информаций, отчетов в ответ на поступающие запросы, а также рассмотрение в установленном порядке писем, жалоб, предложений и обращений физических и юридических лиц, касающихся вопросов недропользования;
6) подготовка заседаний экспертной комиссии по решению вопросов недропользования, Рабочей группы по проведению переговоров по внесению изменений и дополнений в контракт на недропользование;
7) регистрация договора залога права недропользования на разведку, добычу общераспространенных полезных ископаемых;
8) выдача разрешения на застройку площадей залегания полезных ископаемых, а также размещения в местах их залегания подземных сооружений;
9) выдача заключения об отсутствии или малозначительности полезных ископаемых в недрах под участком предстоящей застройки;
10) выдача лицензий на старательство;
11) выдача разрешении на разведку или добычу общераспространенных полезных ископаемых, используемых для строительства (реконструкции) и ремонта автомобильных дорог общего пользования, железных дорог, находящихся в государственной собственности, а также для реконструкции и ремонта гидросооружений и гидротехнических сооружений
12) создание комиссии по приемке результатов обследования или работ по ликвидации последствий операций по недропользованию;
13) участие в претензионно-исковой работе по вопросам, входящим в компетенцию Отдела;
14) хранение документов, связанных с деятельностью Отдела, и своевременная передача их в архив, а также своевременное наполнение электронного архива;
15) рассмотрение в установленном законодательством порядке переданных на исполнение обращений, запросов, предложений, откликов, сообщений физических и юридических лиц по вопросам, относящимся к компетенции Отдела;
16) рассмотрение в установленном законодательством порядке служебных документов и документов, поступивших в рамках информационного обмена между государственными органами, их структурными и территориальными подразделениями и должностными лицами по вопросам, относящимся к компетенции Отдела;
17) осуществление иных функций, возложенных на Отдел законодательством РК, а также актами Президента РК, Агентства и Управления.