Келесі жағдайларда рұқсат беруден бас тартуы мүмкін:
- заңсыз келген, сондай-ақ қылмыс жасағаны үшiн өздерi шыққан елдердiң заңнамасы бойынша қудалауға ұшыраған;
- қылмыс жасалғанға дейін тұрақты тұратын жері ҚР шегінен тыс болған бас бостандығынан айыру орындарынан босатылғандарға;
- адамзатқа қарсы қылмыс жасағандарға;
- этникалық қазақтарды, ҚазКСР немесе Қазақстан Республикасында туған немесе бұрын азаматтығында болған бұрынғы отандастарды, сондай-ақ ҚР халықаралық шарттары негізінде жеңілдетілген тәртіппен ҚР азаматтығын алуға құқығы бар адамдарды және олардың отбасы мүшелерін қоспағанда, ҚР-да болу кезеңінде өзінің төлем қабілеттілігін растауды ұсынбағандарға, тізбесін халықтың көші-қоны мәселелері жөніндегі уәкілетті орган бекітетін, сұранысқа ие кәсіптері бар шетелдіктер;
- ҚР-дағы шетелдіктердің құқықтық жағдайы туралы заңнаманы бірнеше рет бұзған адамдарға;
- ұлтаралық, конфессияаралық және діни араздықты қоздыратындарға;
- конституциялық құрылысты күштеп өзгертуге бағытталған іс-әрекеттер үшін;
- ҚР егемендігі мен тәуелсіздігіне қарсы шыққан, оның аумағының бірлігі мен тұтастығын бұзуға шақыратын адамдарға;
- ауыр немесе аса ауыр қылмысы үшін алынбаған немесе өтелмеген соттылығы бар адамдарға;
- Ұлттық қауіпсіздік органдарында олардың экстремизмге немесе террористік әрекетке қатыстылығы туралы мәліметтер болған кезде себептер түсіндірілместен;
- жалған құжаттарды ұсынған не өзі туралы көрінеу жалған мәліметтерді хабарлаған немесе Қазақстан Республикасының заңнамасында белгіленген мерзімде қажетті құжаттарды дәлелсіз себептермен ұсынбаған адамдарға;
- Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес дактилоскопиялық тіркеуден өтпеген;
- ҚР-да тұрақты тұруға рұқсат беру сәтінде ҚР-дан бес жыл ішінде шығарып жіберілгендерге;
- егер бұл ҚР азаматтарының және басқа да адамдардың құқықтары мен заңды мүдделерін қорғау үшін қажет болса;
- тұрақты тұруға рұқсат алған және Қазақстан Республикасының аумағында тұрақты тұруға рұқсат берілген күннен бастап қатарынан кез келген 12 айлық кезең шегінде 183 күнтізбелік күннен аз уақыт тұратындарға;
- ҚР азаматтарымен жалған неке қиғандарға;
- халықтың көші-қоны, салық салу және ҚР еңбек заңнамасы саласындағы құқық бұзушылық үшін әкімшілік жауапкершілікке тартылған адамдарға;
- ұлттық қауіпсіздік мүдделеріне қатер төндіретіндерге;
- "Қазақстан Республикасының азаматтығы туралы" ҚР Заңының 21-бабының 8) тармақшасында көзделген негіздер бойынша ҚР азаматтығынан айырылуына байланысты
- ҚР-ға келу үшін қарсы көрсетілімдер болып табылатын аурулары* бар адамдарға;
- егер олар бұрын "Қазақстан Республикасының азаматтығы туралы" 1991 жылғы 20 желтоқсандағы ҚР Заңының 20-1-бабында көзделген негіздер бойынша ҚР азаматтығынан айырылған болса.
*Тыйым салынған аурулардың тізімі:
- Нашақорлық
- Психикалық бұзылулар (аурулар)
- Туберкулез
- Лепра (Гансен ауруы)
- Көбінесе жыныстық жолмен берілетін инфекциялар (ЖЖБИ) - мерез, венерологиялық лимфогранулема (донованоз), шанкроид
- Жіті инфекциялық аурулар (жіті респираторлық вирустық инфекциялар мен тұмаудан басқа)