Структурное подразделение в своей деятельности руководствуется Конституцией Республики Казахстан, законами Республики Казахстан, актами Президента и правительства, иными нормативными правовыми актами, а также настоящим Положением.
Распределяет средства согласно финансовым планам и сметам государственных образовательных учреждений. Контролирует их целевые расходы, соблюдение финансового порядка. Контролирует правильную организацию учета и отчетности, вводит усовершенствованный вид и метод учета, вводит новый вид учета, следит за сохранностью государственного имущества.
Создает план финансирования сферы образования и готовит предложения по внесению в него изменений каждый месяц. Вносит предложения в ходе подготовки нормативных документов по финансовым вопросам, разрабатывает предложения по дальнейшему развитию сферы образования. Ежемесячно обобщает планы финансирования текущих целевых трансфертов, выделяемых из республиканского бюджета, и вносит предложения по внесению в них изменении.