До 1997 года в районе было 8 колхозов, 6 совхозов, 1 Откормочное объединение, специализирующееся в основном на выращивании сахарной свеклы и тонкорунных овец, в том числе зерна, мясомолочного скота, лошадей, свиней, овощей, бахчевых культур.[5] с 1997 г. совхозы и колхозы были упразднены, а взамен объединены в акционерные общества, производственные кооперативы, ТОО и крестьянские хозяйства.
Количество промышленных предприятий в районе-10; из них в ведении государства работает 1 предприятие, остальные (9) находятся в частной собственности. Количество малых предприятий составляет 121; индивидуальных предпринимателей-1707, в том числе средних предпринимателей-37 единиц.
Общая площадь сельскохозяйственных угодий в районе 654,2 тыс. га (2001); в том числе площадь пахотных земель 94,7 тыс. га, пастбищ 507,5 тыс. га, сенокосов 7,9 тыс. га. Количество сельскохозяйственных предприятий 870, из них акционерных обществ – 3, производственных кооперативов – 2, фермерских (крестьянских) хозяйств – 855, ТОО-9.
В Меркенском районе в 2001 г. высажены кормовые культуры на площади 510 га, включая все категории хозяйств. Из зерновых культур (всего 37.5 тыс. га) посеяно озимой пшеницы на 27,4 тыс. га, ярового ячменя на 10,1 тыс. га, кукурузы на 2,8 тыс. га. Площадь сахарной свеклы составила 630 га. В 2001 г. район получил 3473 т мяса в живом весе, 13,8 тыс. т молока, 252 Т шерсти, 1,2 млн штук яиц, 7,5 тыс. т картофеля и 13,2 тыс. т овощей. В районе было 20,1 тыс. голов крупного рогатого скота, 81,5 тыс. голов овец и коз, 51,6 тыс. лошадей и 30 верблюдов (2001).