В сфере здравоохранения в районе функционируют 55 лечебных учреждений. Среди них центральная районная больница, Центральная районная поликлиника, сельская больница Андас батыр, сельская поликлиника Андас батыр, фтизиатрическое отделение, 13 областно – врачебных амбулаторий, 8 фельдшерско-акушерских пунктов, 19 медицинских пунктов, отдел Управления общественного здравоохранения Меркенского района, санатории Мерке и Ак ниет и 4 стаматологических центра, принадлежащих физическим лицам, а также медицинские центры Сенім, Акнур и Лаура. В центральной районной больнице работают 944 медицинских работника. Из них 128 врачей с высшим образованием, 448 средних медицинских работников, 368 младших медицинских и других работников