II, III, IV санатқа жатқызылған объектілердің мемлекеттiк экологиялық сараптамасын ұйымдастырады және жүргiзеді;

II, III, IV санатқа объектілеріне қоршаған ортаға эмиссияларына рұқсатты ресімдеу мен беруді жүзеге асырады;

Әзірленген жобалық құжаттамалар негізінде қоршаған ортаға шаруашылық қызметтің әсерін бағалауға, қоршаған ортаны қорғау және табиғи ресурстарды ұтымды пайдалану бойынша ұсынылатын шаралардың негізділігі мен жеткіліктігіне, жоспарланатын шаруашылық қызметтің қоршаған ортаны қорғау саласындағы Қазақстан Республикасы заңнамасының талаптарына сәйкестігіне кешенді талдау жүргізеді;

Қоршаған ортаға эмиссиялар үшін рұқсатты ресімдеу барысында Экологиялық кодекстің талаптарына сәйкес рұқсат алу үшiн табыс етiлген материалдардың  толықтығы және дұрыстығын тексереді;  

Мемлекеттiк экологиялық сараптаманы жүргізуді және қоршаған ортаға эмиссиялар үшін рұқсат беруді жүзеге асырудың белгіленген мерзімі мен тәртібінің сақталуын қамтамасыз етеді;

Қоршаған ортаны қорғау жөнiндегi iс-шаралар жоспарының Қазақстан Республикасының экологиялық заңнамасында белгiленген экологиялық талаптарға сәйкес келуін және қоршаған ортаға эмиссиялар нормативтерiне қол жеткiзудi қамтамасыз етуін қадағалайды; 

Сараптама және қоршаған ортаға эмиссиялар үшін рұқсаттар беру жұмыстарын, әдiснамаларын жетілдіруді ұйымдастыру, оларды жүзеге асыру тәртiбi мен принциптерi жөнiнде ұсыныстар енгiзеді;

Табиғат пайдаланушылардан қоршаған ортаны қорғау жөніндегі іс-шаралар жоспарын орындау жөнінде тоқсандық есептерді қабылдайды:

Қоршаған ортаға эмиссияларға берілген рұқсаттар негізінде табиғат пайдаланушылардан табиғат пайдалану шарттарының орындалуы туралы есептерді қабылдайды;

Мемлекеттiк экологиялық сараптаманың қорытындылары және қоршаған ортаға эмиссияларға берілген рұқсаттар бойынша мәліметті тиісті мемлекеттік органдарға ұсынады;

Хаттарға жауап беру, жоғары тұрған мемлекеттік органдардан келген тапсырмаларды орындайды;

Бөлім құжаттарының орындалуын, бағыныстағы қызметкерлердің жұмыстарының нақтылығын бақылау, бөлімге жүктеген міндеттердің орындалуын үйлестіреді;

Қоршаған ортаны қорғау, санитариялық-эпидемиологиялық қадағалау саласындағы уәкілетті органдармен, салық органдарымен өзара әрекетті үйлестіреді;

Ақпараттық қауіпсіздік талаптарын орындау мен ақпараттық қауіпсіздік жөніндегі техникалық құжаттама талаптарын орындайды.