В современных условиях, противодействие терроризму и экстремизму в любых их проявлениях является одним из приоритетных направлений в обеспечении национальной безопасности страны.

В нашей стране проводится большая организационная и практическая антитеррористическая работа. Сформирована необходимая правовая основа. Укреплены антитеррристические подразделения правоохранительных и специальных органов. Введены в действие государственные нормативы, устанавливающие конкретные требования к системам безопасности особо важных государственных объектов. Эффективность этих мер проверяется совместно с прокуратурой, органами внутренних дел и чрезвычайных ситуаций.

Президентом страны Н.А. Назарбаевым еще в 2003 году было принято решение о консолидации работы государственных органов под эгидой созданного Антитеррористического центра КНБ.

В формате Межведомственной координационной комиссии (МКК) АТЦ КНБ с участием 8 министерств и ведомств была сконцентрирована работа по решению узловых проблем взаимодействия и внедрению единых подходов к организации антитеррористической деятельности. При необходимости к работе привлекались и другие министерства и ведомства. В областных и районных центрах, столице и г.Алматы работали Координационные комиссии АТЦ при территориальных органах Комитета национальной безопасности.

Известные факты проявлений терроризма и экстремизма в нашей стране в 2011 и 2012 годах потребовали внесения соответствующих корректив в работу антитеррористических структур нашей страны. В этих целях были внесены существенные изменения и дополнения в некоторые законодательные акты по вопросам противодействия терроризму.

Для координации их деятельности в сфере противодействия терроризму в июне 2013 года Указом Главы государства был образован Антитеррористический центр Республики Казахстан в новом формате как постоянно действующий консультативно-совещательный орган. Он является правопреемником АТЦ КНБ, членами которого являются первые руководители 23 министерств и ведомств страны.

Положение об Антитеррористическом центре Республики Казахстан утверждено Указом Президента Республики Казахстан от 24 июня 2013 года № 588.