1. Разрабатывает акт по установлению водоохранных зон, полос и зоны санитарной охраны источников питьевого водоснабжения по согласованию с бассейновыми водохозяйственными управлениями, уполномоченным органом в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения;
2.  разрабатывает акт по установлению режима и особых условий хозяйственного использования водоохранных зон и полос по согласованию с бассейновыми водохозяйственными управлениями;
3. предоставляют водные объекты в обособленное или совместное пользование на конкурсной основе в порядке, установленном Правительством Республики Казахстан;
4. принимает участие в работе бассейновых советов и бассейновом соглашении, вносят на рассмотрение бассейновых советов предложения по рациональному использованию и охране водных объектов, водоснабжению, водоотведению населенных пунктов, изучают рекомендации бассейновых советов, принимают меры по их реализации;
5. согласовывает размещение и ввод в эксплуатацию предприятий и других сооружений, влияющих на состояние вод, а также условия производства строительных, дноуглубительных и других работ на водных объектах, водоохранных зонах и полосах;
6. разрабатывает ставки платы за пользование водными ресурсами поверхностных источников;