С обретением независимости начался новый этап в истории противочумной службы.
В 1991 году противочумная служба республики перешла в юрисдикцию Министерства здравоохранения Республики Казахстан.
В январе 1992 года Среднеазиатский противочумный институт МЗ СССР был преобразован в Казахский противочумный научно-исследовательский институт (КПНИИ) МЗ РК.
Одновременно была проведена реорганизация противочумных станций республики и ликвидированы ведомственные противочумные службы.
В 2001 году КПНИИ был переименован в Казахский научный центр карантинных и зоонозных инфекций имени Масгута Айкимбаева.