Важной страницей в истории противочумной службы стал 1949 год.
Приказом Министерства здравоохранения СССР № 739 от 9 декабря 1948 года с 1 января 1949 года Алма-Атинская противочумная станция была реорганизована в Среднеазиатский научно-исследовательский противочумный институт (САНИПЧИ) как научно-методический центр противочумных учреждений Казахстана и республик Средней Азии.
В первые десятилетия становления института его руководителями были Мухамедрахим Куандыкович Тлеугабылов (1949–1962 гг.) и Масгут Айкимбаевич Айкимбаев (1962–1987 гг.).
Создание института стало важным этапом перехода от отдельных противочумных подразделений к единой научной и организационной системе борьбы с особо опасными инфекциями.
В 1970 году институт осуществлял научно-методическое руководство 18 противочумными станциями Казахстана и республик Средней Азии.