История Национального научного центра особо опасных инфекций имени Масгута Айкимбаева берет начало в 1930 году.
При Краевом санитарно-бактериологическом институте имени Казахского ЦИК были созданы Алма-Атинская противочумная лаборатория и противочумные обследовательские отряды. Их главной задачей стало эпидемиологическое наблюдение за природными очагами чумы и проведение противоэпидемических мероприятий.
В 1934 году Алма-Атинская противочумная лаборатория была преобразована в самостоятельную Алма-Атинскую противочумную станцию, подчиненную Краевому противочумному институту «Микроб».
Созданные в 1930-е годы подразделения стали основой для дальнейшего развития противочумной науки и практической службы, а их опыт впоследствии лег в основу создания крупного научно-методического центра.