В 2004 году была принята Государственная программа реформирования и развития здравоохранения на 2005-2010 годы.
Следующим важным этапом стало централизованное развитие сети учреждений санитарно-эпидемиологической экспертизы.
В 2015 году постановлением Правительства Республики Казахстан от 5 февраля 2015 года № 38 «О реорганизации некоторых республиканских государственных предприятий Комитета по защите прав потребителей Министерства национальной экономики Республики Казахстан» был создан Национальный центр экспертизы Комитета санитарно-эпидемиологического контроля Министерства здравоохранения Республики Казахстан.
Создание Национального центра экспертизы стало важным шагом в формировании единой системы лабораторной экспертизы. Основной задачей стало обеспечение централизованного и эффективного управления сетью центров санитарно-эпидемиологической экспертизы районного и областного уровней.