Важным этапом стало принятие в 1994 году Закона Республики Казахстан «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения». Закон определил правовые основы функционирования системы санитарно-эпидемиологического обеспечения населения суверенного Казахстана.
В этот период укреплялась материально-техническая база санитарно-химических, токсикологических, вирусологических, бактериологических и паразитологических лабораторий, а также лабораторий физико-химических методов исследования и радиационной гигиены.
По инициативе Республиканской санитарно-эпидемиологической станции к 1996 году были открыты областные токсикологические лаборатории в 12 областях и городе Алматы. Одновременно продолжалось реформирование всей санитарно-эпидемиологической службы.
В соответствии с законодательством были созданы две самостоятельные структуры, объединенные едиными целями и задачами: органы государственного санитарно-эпидемиологического надзора и Центры санитарно-эпидемиологической экспертизы с филиалами на городском и районном уровнях.
Этот период стал важным этапом перехода к современной модели организации санитарно-эпидемиологического надзора и лабораторной экспертизы.