1930-е годы стали важным этапом организационного становления санитарно-эпидемиологической службы Казахстана.
В 1931 году на I съезде санитарных врачей и эпидемиологов Казахстана в Алма-Ате была утверждена новая структура санитарно-эпидемиологической службы путем выделения Государственной санитарной инспекции из состава Противоэпидемического управления.
Одновременно расширялись направления санитарного контроля. В 1936 году начали формироваться новые направления гигиены - промышленная, пищевая и жилищно-коммунальная.
Еще одним значимым событием стало создание в 1938 году первых санитарно-эпидемиологических станций в Алма-Ате, Уральске, Чимкенте, Петропавловске и Семипалатинске.
Санитарно-эпидемиологические станции представляли собой комплексные учреждения, объединявшие государственную санитарную инспекцию и лабораторную санитарно-эпидемиологическую экспертизу.
К 1941 в Казахстане уже действовали 38 санитарно-эпидемиологических станций и 32 санитарно-бактериологические лаборатории. В составе службы также функционировали дезинфекционные, малярийные, бруцеллезные и другие специализированные подразделения.