История санитарно-эпидемиологической и лабораторной службы Казахстана берет свое начало в первых десятилетиях XX века, когда стали формироваться первые специализированные санитарно-бактериологические учреждения.
Одним из первых важных шагов стало создание в марте 1920 года в Оренбурге Краевой химико-бактериологической лаборатории, где проводились бактериологические исследования мокроты на туберкулез и другие инфекционные заболевания. Уже в 1921 году санитарно-бактериологические лаборатории появились в Акмолинске и Уральске.
15 сентября 1922 года был принят Декрет Совета народных комиссаров РСФСР «О санитарных органах Республики». Документ определил основы организации санитарных органов и их деятельности, заложив предпосылки для формирования централизованной системы санитарно-эпидемиологического надзора.
Следующим важным этапом стало создание 17 сентября 1925 года в Кзыл-Орде Казахского краевого санитарно-бактериологического института. Институт объединил научно-исследовательскую, лабораторную и практическую деятельность, руководил работой губернских санитарно-бактериологических лабораторий, проводил исследования, а также занимался производством бактериологических препаратов, вакцин и лечебных сывороток. В 1929 году институт был переведен в Алма-Ату.