В соответствии с подпунктом 5) пункта 1 статьи 479 Налогового кодекса Республики Казахстан освобождается от налога на добавленную стоимость импорт товаров, подлежащих таможенному декларированию в соответствии с таможенным законодательством Евразийского экономического союза и (или) таможенным законодательством Республики Казахстан, помещаемых под таможенную процедуру, предусматривающую освобождение от уплаты налогов.
Согласно подпункту 5) пункта 2 статьи 525 Налогового кодекса Республики Казахстан юридическое лицо, заключившее специальный инвестиционный контракт, вправе применить освобождение от уплаты налога на добавленную стоимость при импорте товаров в составе готовой продукции, произведенной на территории специальной экономической зоны или свободного склада, при соблюдении следующих условий:
1) товары помещены под таможенную процедуру свободной таможенной зоны или свободного склада;
2) таможенная процедура свободной таможенной зоны или свободного склада завершается таможенной процедурой выпуска для внутреннего потребления;
3) осуществлена идентификация товаров в составе готовой продукции в соответствии с таможенным законодательством Республики Казахстан.
Согласно статьи 18 пункта 2 «Указа Президента Республики Казахстан от 17 июня 2010 года № 1004 «О подписании Соглашения о свободных складах и таможенной процедуре свободного склада» и статьей 1 «Протокола о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в таможенном союзе от 11 декабря 2009 года», в случае реализации товаров с территории одного государства-члена таможенного союза на территорию другого государства-члена таможенного союза и помещении их под таможенную процедуру свободного склада на территории другого государства-члена таможенного союза не возникает обязательства по представлению заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов (ф 328.00).
Вместо этого в государственный орган представляется заверенная копия таможенной декларации, в соответствии с которой такие товары помещены под таможенную процедуру свободного склада.
В соответствии с п. 9 Приказа и.о. Министра финансов Республики Казахстан от 3 ноября 2025 года № 662 «Об утверждении Правил освобождения от налога на добавленную стоимость импорта товаров в рамках Евразийского экономического союза», освобождение от уплаты налога на добавленную стоимость по импорту товаров, подлежащих таможенному декларированию в соответствии с таможенным законодательством Евразийского экономического союза и (или) таможенным законодательством Республики Казахстан, с помещением под таможенную процедуру, предусматривающую освобождение от уплаты налогов, осуществляется в порядке, установленном таможенным законодательством Республики Казахстан.
При ввозе товаров с территории ЕАЭС, декларант не сдает заявление о ввозе товаров и уплате косвенных налогов, в связи с подачей таможенной декларации на товары.
В случае реализации товаров, вывозимых с территории одного государства-члена на территорию другого государства-члена, и помещения их под таможенные процедуры свободной таможенной зоны или свободного склада на территории этого другого государства-члена вместо заявления в налоговый орган первого государства-члена представляется заверенная таможенным органом другого государства-члена копия таможенной декларации, в соответствии с которой такие товары помещены под таможенные процедуры свободной таможенной зоны или свободного склада.
Таким образом, при ввозе товаров с территории ЕАЭС, с помещением под таможенную процедуру, предусматривающую освобождение от уплаты налогов, обязанность по уплате НДС не возникает.