Основными задачами Управления являются повышение качества оказания государственных услуг, обеспечение контроля по соблюдению норм Стандартов и Регламентов государственных услуг структурными и территориальными подразделениями Департамента, выявление, предупреждение и устранение причин нарушений, допускаемых при оказании государственных услуг. Обеспечение соблюдения законности применения налогового и иного законодательства Республики Казахстан по вопросам, входящим в компетенцию Управления. А также, осуществление разъяснения налогового и таможенного законодательства Республики Казахстан; повышение налоговой и таможенной культуры и информированности общества по вопросам налогового и таможенного законодательства Республики Казахстан.