В соответствии с Законом Республики Казахстан «О местных представительных и исполнительных органах» 7 марта 1994 года состоялись выборы Верховного Совета и местных представительных органов Республики Казахстан. По итогам выборов 11 депутатов от 11 районных избирательных округов, прошедших в Каратобинском районе, были избраны в Каратобинский районный маслихат.
Решением I сессии I созыва от 26 марта 1994 года Собрание депутатов районного маслихата считается местным представительным органом. Решением сессии районного маслихата от 27 ноября 2001 года №15-4 переименован в «Каратобинский районный маслихат». Первым секретарем маслихата был избран Сагинов Тлеккабыл, который до 2010 года достиг пенсионного возраста. С 2010 года по март 2016 года секретарем районного маслихата был Тойшыбаев Батыргали. С 2016 года по 1 июля 2021 года секретарем районного маслихата был Суеугалиев Кадыржан Орынбасарович.
С 7 декабря 2021 года секретарем Каратобинского районного маслихата избран Мендешов Нурлан Кумарович.