Ликвидация скважин осуществляется на основании п.4 ст.120 Водного кодекса РК № 481 от 09.07.2003г. Гидрогеологические скважины, в том числе самоизливающиеся и разведочные, а также скважины не пригодные к эксплуатации или использование которых прекращено, подлежат оборудованию устройствами консервации или ликвидируются.
Ликвидация и консервация бесхозных самоизливающихся гидрогеологических скважин осуществляется уполномоченным органом по изучению недр за счет средств госбюджета.
В период с 2004 по 2009 гг. за счет госбюджетных ассигнований выполнена ликвидация 69 самоизливающихся гидрогеологических скважин. В 2010г. в области выявлено и обследовано еще 250 самоизливающихся гидрогеологических скважин.
В кадастр самоизливающихся гидрогеологических скважин в Восточно-Казахстанской и Абайской областях для ликвидации включены приблизительно 357 гидрогеологических скважин.
В 2022 году состоялся открытый конкурс на выполнение работ по республиканской бюджетной программе 089, подпрограмме 104 по объекту «Ликвидация 4 самоизливающихся гидрогеологических скважин в Восточно-Казахстанской области». На основании протокола об итогах № 7728574-ОК1 от 09.08.2022 г. ТОО «ГРК «Топаз» является победителем по выполнению данных работ (Договор № 109 от 15.08.2022 г.). Срок выполнения работ: III квартал 2022 г. - III квартал 2023 г.
Проектируемые бесхозные самоизливающиеся гидрогеологические скважины, подлежащие ликвидации находятся в Зайсанском районе ВКО (с.Карабулак скв. № 726а, с.Кенсай скв. № 33А, с. Айнабулак скв. № 695 Кадиша База) и Тарбагайском районе ВКО - с.Джамбул скв. зим. Жаманший-3. По всем четырем скважинам специализированной проектной организацией ТОО «НАЦ» составлены акты обследования самоизливающихся гидрогеологических скважин, подлежащих ликвидации.
Ликвидация бесхозных самоизливающихся гидрогеологических скважин согласована с ГУ «Аппарат акима Карабулакского с/о Зайсанского района ВКО» и с советом аксакалов с.Карабулак Зайсанского района ВКО, ГУ «Аппарат акима Кенсайского с/о Зайсанского района ВКО», ГУ «Аппарат акима Айнабулакского с/о Зайсанского района ВКО» и ГУ «Аппарат акима Куйганского с/о Тарбагатайского района ВКО».