В установленном законодательством порядке, в пределах своей компетенции, осуществляет следующие функции:
1) составление расчетов ставок платы за пользование водными ресурсами поверхностных источников;
2) предоставляют водные объекты в обособленное или совместное пользование на конкурсной основе в порядке, установленном Правительством Республики Казахстан;
3) разрабатывает акт по установлению водоохранных зон и полос по согласованию с бассейновыми инспекциями, государственным органом в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения, уполномоченным государственным органом в области охраны окружающей среды, уполномоченным органом по земельным отношениям;
4) разрабатывает акт по установлению режима и особых условий хозяйственного использования водоохранных зон и полос по согласованию с бассейновыми инспекциями;
5) принимает участие в работе бассейновых советов и бассейновом соглашении, вносят на рассмотрение бассейновых советов предложения по рациональному использованию и охране водных объектов, водоснабжению, водоотведению населенных пунктов, изучают рекомендации бассейновых советов, принимают меры по их реализации;
6) осуществление водолазных работ, текущего содержания и очистки водной глади акватории реки Есиль и ее притоков в пределах административно-территориальной границы города Нур-Султан;
7) обеспечение выполнения дноочистительных и дноуглубительных работ по очистке дна рек, водоемов от ила и наносных слоев для регулирования русла рек;
8) ведение экологических мероприятий на территории водоемов, искусственных водоемов и береговой линии;
9) установление границ рыбохозяйственных участков, открытия и закрытия тони (тоневые участки);
10) ведение паспортизации рыбохозяйственных водоемов и (или) участков на основании научных рекомендаций;
11) установление зоны рекреационного рыболовства.