В установленном законодательством порядке, в пределах своей компетенции, осуществляет следующие функции:

1) составление расчетов ставок платы за пользование водными ресурсами поверхностных источников;

2) предоставляют водные объекты в обособленное или совместное пользование на конкурсной основе в порядке, установленном Правительством Республики Казахстан;

3) разрабатывает акт по установлению водоохранных зон и  полос по согласованию с бассейновыми инспекциями, государственным органом в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения, уполномоченным государственным органом в области охраны окружающей среды, уполномоченным органом по земельным отношениям;

4) разрабатывает акт по установлению режима и особых условий хозяйственного использования водоохранных зон и полос по согласованию с бассейновыми инспекциями;

5) принимает участие в работе бассейновых советов и бассейновом соглашении, вносят на рассмотрение бассейновых советов предложения по рациональному использованию и охране водных объектов, водоснабжению, водоотведению населенных пунктов, изучают рекомендации бассейновых советов, принимают меры по их реализации;

6) осуществление водолазных работ, текущего содержания и очистки водной глади акватории реки Есиль и ее притоков в пределах административно-территориальной границы города Нур-Султан;

7) обеспечение выполнения дноочистительных и дноуглубительных работ по очистке дна рек, водоемов от ила и наносных слоев для регулирования русла рек;

8) ведение экологических мероприятий на территории водоемов, искусственных водоемов и береговой линии;

9) установление границ рыбохозяйственных участков, открытия и закрытия тони (тоневые участки);

10) ведение паспортизации рыбохозяйственных водоемов и (или) участков на основании научных рекомендаций;

11) установление зоны рекреационного рыболовства.