Медицинскую помощь на территории Богенбайского сельского округа оказывает 1 медицинский пункт, который обслуживает поликлиника “Viamedis”. Работает 1 медицинский работник. По компании свободного прикрепления большая часть населения прикрепилась к ГККП " Степногорская многопрофильная городская больница". Жители села Богенбай прикреплены к поликлинике “Viamedis” и обращаются за медицинской помощью подъезжая к поликлинике, расположенной в поселке Заводской.