ГУ «Управление по делам религий Акмолинской области» осуществляет активное взаимодействие с различными неправительственными организациями. Данная работа проводится в рамках исполнения Стратегии национальной безопасности РК на 2021 – 2025 годы и Комплексного плана развития государственной системы противодействия экстремизму и терроризму на 2023-2025 г.
Основное взаимодействие с неправительственными организациями происходит через реализацию проектов государственного социального заказа управления, направленных на реабилитацию приверженцев деструктивных религиозных течений, социализацию женского жамагата и профилактичекую работу в интернет-пространстве.
В 2025 году вышеуказанные проекты реализовывают общественное объединение «Консультативно-реабилитационный центр «Насихат» и общественный фонд «AMANAT EXPERT».