Основной задачей отдела является участие в реформах в области ветеринарии по её развитию и совершенствованию;
- реализация государственной политики в области ветеринарии;
- лицензирование ветеринарно-санитарной экспертизы продукции и сырья животного происхождения в соответствии с законодательством Республики Казахстан о разрешениях и уведомлениях;
- прием уведомлений от физических и юридических лиц о начале или прекращении осуществления предпринимательской деятельности в области ветеринарии, а также ведение государственного электронного реестра разрешений и уведомлений в соответствии с Законом Республики Казахстан "О разрешениях и уведомлениях";
- определение потребности в изделиях (средствах) и атрибутах для проведения идентификации сельскохозяйственных животных и передача информации в процессинговый центр;
- организация ведения базы данных по идентификации сельскохозяйственных животных;
- свод, анализ ветеринарного учета и отчетности и их представление в уполномоченный орган;
- организация и проведение просветительской работы среди населения по вопросам ветеринарии;
- организация проведения мероприятий по идентификации сельскохозяйственных животных.