Структура центрального аппарата Комитета государственных доходов
Министерства финансов Республики Казахстан
| № п/п | Наименование структурного подразделения |
| Председатель | |
| Заместитель председателя – 3 | |
| 1) | Управление по защите государственных секретов и мобилизационной работы |
| 2) | Юридическое управление |
| 3) | Управление международного сотрудничества |
| 4) | Управление по связям с общественностью |
| 5) | Управление стратегического развития |
| 6) | Управление информационной безопасности |
| 1 | Департамент управления персоналом и организационно-финансовой работы |
| 7) | Управление по работе с персоналом |
| 8) | Организационно-контрольное управление |
| 9) | Управление финансового обеспечения |
| 10) | Управление-секретариат Председателя |
| 2 | Департамент анализа, статистики и управления рисками |
| 11) | Управление риск-менеджмента |
| 12) | Управление анализа и статистики |
| 13) | Управление автоматизации бизнес-процессов |
| 3 | Департамент цифровизации и государственных услуг |
| 14) | Управление всеобщего декларирования |
| 15) | Управление государственных услуг |
| 16) | Управление «Контакт центр» |
| 17) | Управление сквозного мониторинга |
| 4 | Департамент информационных технологий |
| 18) | Управление информационных технологий |
| 19) | Управление IT инфраструктуры |
| 20) | Управление сопровождения договорных отношений |
| 5 | Департамент налоговой методологии |
| 21) | Управление методологии |
| 22) | Управление по рассмотрению предварительных актов проверок |
| 23) | Управление налогообложения нерезидентов |
| 24) | Управление непроизводственных платежей |
| 25) | Управление налогообложения отдельных видов предпринимательства |
| 6 | Департамент таможенной методологии |
| 26) | Управление методологии таможенных процедур и декларирования |
| 27) | Управление таможенной стоимости и тарифного регулирования |
| 28) | Управление классификации и происхождения товаров |
| 29) | Управление администрирования энергоресурсов |
| 30) | Управление таможенных операций |
| 31) | Управление «Ситуационный центр» |
| 7 | Департамент контроля |
| 32) | Управление администрирования НДС |
| 33) | Управление администрирования акцизов |
| 34) | Управление дистанционного мониторинга |
| 8 | Департамент аудита |
| 35) | Управление таможенного контроля после выпуска товаров |
| 36) | Управление налогового аудита |
| 37) | Управление реабилитации и банкротства |
| 38) | Управление по работе с задолженностью |
| 9 | Департамент оперативного контроля |
| 39) | Управление транзита |
| 40) | Управление экспортного контроля |
| 41) | Управление неторгового оборота |
| 42) | Специализированное управление |