NPA в структуре Правительства Японии
NPA организован как совет, состоящий из трех комиссаров, один из которых назначается Президентом. Комиссары назначаются Кабинетом с согласия Парламента. Назначение и увольнение комиссаров заверяется Императором.
Генеральный Секретариат находится в подчинении NPA как административный департамент, состоящий из пяти управлений (управления Секретариата) и четырех бюро, а также Национального института государственного управления и восьми региональных бюро и одного местного отделения, которые действуют под руководством Генерального секретаря.
Кроме того, при NPA создан Национальный совет по этике государственной службы на основе Закона о государственной службе и Закона о государственной этике.
Примечание: Цифры в скобках обозначают фиксированное число сотрудников в 2018 финансовом году