Құрылымдық бөлімше өз қызметінде Қазақстан Республикасының Конституциясын, Қазақстан Республикасының заңдарын, Президенті мен Үкіметінің актілерін, өзге де нормативтік құқықтық актілерді, сондай-ақ осы Ережені басшылыққа алады.
Мемлекеттік білім мекемелерінің қаржы жоспарларына, шығын сметаларына сәйкес қаржы бөледі. Олардың мақсатты шығынына, қаржылық тәртіптің сақталуына бақылау жасайды. Бухгалтерлік есеп пен есеп берудің дұрыс ұйымдастырылуына бақылау жасайды, есептік озық түрі мен әдісін енгізеді, бухгалтерлік есептің жаңа түрін енгізеді,мемлекеттік меншігі мен мүліктің сақталуын бақылайды.
Білім саласы бойынша жинақталған қаржы жопарын жасақтайды және оған ай сайын өзгеріс енгізуге ұсыныс дайындайды. Нормативтік құжаттар дайындау барысында қаржы мәселелері бойынша ұсыныстар енгізеді, білім саласын одан әрі дамыту бойынша ұсыныстар әзірлейді. Республикалық бюджеттен бөлінетін ағымдағы нысаналы трансферттердің қаржы жоспарларын жинақтайды және ай сайын оған өзгерістер енгізуге ұсыныс енгізеді.