Алакольский район был образован 17 января 1928 года с центром с.Учарал. 17 июля того же года был образован Андреевский район.
По состоянию на 1 января 1992 года в состав района входили 15 сельсоветов, Достыкский поссовет и г. Учарал.
В результате упразднения Талдыкорганской области 22 апреля 1997 г. Алакольский район включен в состав Алматинской области.
Постановлением Правительства Республики Казахстан от 23 мая 1997 г. в состав района включена территория упразднённого Уйгентасского района.
На 1 июля 1997 г. в состав района входили 22 сельских, 1 поселковый и 1 городской территориальный округ.