Шаруашылық жүргізу құқығындағы «Алакөл аудандық орталық ауруханасы» Мемлекеттік мекемесі басқармасының негізгі міндеттері:
1. Өзіне қарасты ауданның халқына білікті мамандандырылған көмекті емханада және үйде көрсету;
2. Өзіне қарасты ауданның халқына және тіркелген қызметкерлерге ауру-сырқауды, мүгедектікті және өләм-жәтәмнің алдын алу іс-шараларын кешенді түрде ұйымдастыру және өткізу;
3. Тегін медициналық көмектің кепілдік берілген көлемі шеңберінде азаматтарға медициналық көмекпен және дәрілік заттармен, медициналық мақсаттағы бұйымдармен қамтамасыз ету;
4. Халықты диспансерлеуді (сау және сырқат) ұйымдастырау және жүзеге асыру, ең алдымен жас өспірімдерді,жүрек-тамыр ауруы, онкологиялық ауруы және басқа ауруға шалдығу қауіпі жоғары адамдарды;
5. Халыққа санитарлық-гигиеналық тәрбие жұмысын жүргізуді ұйымдастыру және жүзеге асыру, салауатты өмір салтын насихаттау, дұрыс тамақтану, белсенділікті арттыру және жағымсыз әдетпен күресуді жүзеге асыру (темекі тарту, ішімдік ішу және т.с.с.)
6. Денсаулық сақтау жүйесін басқарудың тиімділігін арттыру;