Ауданда 1997 жылға дейін негізінен қант қызылшасы мен биязы жүнді қой, оған қосымша астық, етті-сүтті мал, жылқы, шошқа, көкөніс, бақша өсіруге маманданған 8 ұжымшар, 6 кеңшар, 1 мал бордақылау бірлестігі болған.[5] 1997 ж. бастап кеңшарлар мен ұжымшарлар таратылып, олардың орнына акциониерлік қоғамдар, өндірістік кооперативтер, ЖШС-тер және шаруа қожалықтарына бірлесті.
Аудандағы өнеркәсіп кәсіпорындарының саны – 10; оның ішінде мемлекеттің қарауында 1 кәсіпорын жұмыс істейді, қалғандары (9) жеке меншік бірлікте. Шағын кәсіпорындарының саны 121; жеке кәсіпкерлердің саны 1707, оның ішінде орта кәсіпкерлер 37 бірлікті құрайды.
Ауданда шаруашылыққа пайдаланатын жердің жалпы аумағы 654,2 мың га (2001); оның ішінде жыртылған жердің аумағы 94,7 мың га, жайылымы 507,5 мың га, шабындығы 7,9 мың га. Ауыл шаруашылық кәсіпорындарының саны 870, оның ішінде акционерлік қоғамдар – 3, өндірістік кооперативтер – 2, фермерлік (шаруа) қожалықтар – 855, ЖШС-тер – 9.
Меркі ауданында 2001 ж. шаруашылығының барлық санаттарын қоса есептегенде 510 га жерге азықтық дақылдар отырғызылды. Астық дақылдылардан (барлығы 37.5 мың га) күздік бидай 27,4 мың га, жаздық арпа 10,1 мың га, жүгері 2,8 мың га жерге егілді. Қант қызылшасының аумағы 630 га жерді қамтыды. Аудан 2001 ж. 3473 т тірі салмақтағы ет, 13,8 мың т сүт, 252 т жүн, 1,2 млн дана жұмыртқа, 7,5 мың т картоп және 13,2 мың т көкөніс алды. Ауданда 20,1 мың ірі қара, 81,5 мың бас қой мен ешкі, 51,6 мың жылқы және 30 түйе болды (2001).