Экологиялық реттеудің негізгі міндеттері мен функциялары:

1.Заңнамада белгіленген құзыреті шегінде қоршаған ортаны қорғау саласындағы мемлекеттік саясатты жүзеге асырады.

2.Экологиялық кодекске сәйкес II, III, IV санатқа жатқызылған объектілердің мемлекеттiк экологиялық сараптамасын ұйымдастырады және жүргiзеді.

3.Экологиялық кодекске сәйкес II, III, IV санатқа жатқызылған объектілердің қоршаған ортаға эмиссияларына рұқсатты ресімдеу мен беруді жүзеге асырады.

4.Қоршаған ортаға эмиссиялар үшін рұқсатты ресімдеу барысында Экологиялық кодекстің талаптарына сәйкес рұқсат алу үшiн табыс етiлген материалдардың  толықтығы және дұрыстығын тексереді.  

5.Қоршаған ортаға эмиссияларға берілген рұқсаттар негізінде табиғат пайдаланушылардан табиғат пайдалану шарттарының орындалуы туралы есептерді қабылдайды.