Екіжақты ынтымақтастық Қазақстан Республикасының тәуелсіздігін Малайзия 1991 жылғы 31 желтоқсанда мойындаған уақыттан басталды.
Екі ел арасындағы дипломатиялық қатынастар 1992 жылы 16 наурызда орнатылды.
Осы жылдар ішінде Қазақстан мен Малайзия арасында сындарлы және сенімді диалог орнады. Қазақстан-Малайзия қатынастары дамудың серпінді сипатына ие, ал көпжақты ынтымақтастық өңірлік және халықаралық ұйымдар шеңберінде жалғасуда.
1996 жылы Қазақстан Куала-Лумпур қаласында өз Елшілігін ашты, ол Оңтүстік-Шығыс Азия елдеріндегі алғашқы шетелдік өкілдік болды. Сол жылы Малайзияның Қазақстандағы Елшілігі де ашылды.
1996 жылдан бастап Астана мен Путраджая бауырлас қалалар болып табылады.
2021 жылғы ақпанда Мемлекет басшысының Жарлығымен Қазақстан Республикасының Малайзиядағы Төтенше және Өкілетті Елшісі болып Болат Болатұлы Сүгірбаев тағайындалды.
2022 жылдың желтоқсан айынан бастап Малайзияның Қазақстандағы Елшісі Мохд Адли бин Абдуллах болып табылады.
Саяси ынтымақтастық
Екі ел арасындағы кооперацияның негізі мен басымдықтары достық және өзара тиімді байланыстарды дамытудың іргелі базасына айналған жоғары және биік деңгейдегі тұрақты саяси диалог арқасында қаланды. Мемлекет басшылары мен Үкімет өкілдерінің екіжақты ресми сапарлары Қазақстан мен Малайзияның ынтымақтастығын одан әрі дамытуға өз үлесін қосты.
Қазақстан Республикасының Президенті Малайзияға 3 рет сапар жасады: 1996 жылы – ресми сапармен, 2006 және 2012 жылдары – мемлекеттік сапарлармен.
Малайзия Премьер-министрлері Қазақстанға 4 рет сапармен келді: М.Мохамад – 1996 жылы, Н.Разак – 2011 және 2014 жылдары, А.Ибрагим – 2024 жылы.
Сауда-экономикалық ынтымақтастық
2025 жылдың қорытындысы бойынша Қазақстан мен Малайзия арасындағы тауар айналымы 53%-ға артып, 221 млн АҚШ долларын құрады (2022 жылы – 144,8 млн доллар, 2023 жылы – 246,5 млн доллар, 2024 жылы – 144 млн доллар).
Оның ішінде экспорт – 15,7 млн доллар (4 есеге өсті), импорт – 205,9 млн доллар (+46%).
Малайзияның «AirAsia X» әуе компаниясы «Куала-Лумпур – Алматы – Куала-Лумпур» бағыты бойынша тікелей рейстерді жүзеге асырады.