Секретариат Съезда лидеров мировых и традиционных религий является рабочим органом Съезда (в ходе I Съезда лидеров мировых и традиционных религий, прошедшего 23-24 сентября 2003 года, участниками форума было принято решение о создании рабочего органа Съезда - Секретариата).
Руководителем Секретариата Съезда лидеров мировых и традиционных религий является Председатель Сената Парламента Республики Казахстан.
Секретариат обеспечивает деятельность в промежутках между заседаниями Съезда. Членами Секретариата являются представители лидеров мировых религий, участвующих на Съезде, среди них, представители ислама, христианства, иудаизма, буддизма, даосизма, синтоизма, индуизма, международных организаций.
Секретариат собирается ежегодно и рассматривает вопросы:
– реализации решений Съезда лидеров мировых и традиционных религий;
– обеспечения подготовки заседаний Съезда;
– согласования ключевых тем, глобальной повестки дня, регламента работы, проектов итоговых документов Съезда (Деклараций, Обращений);
– координации взаимодействия с международными структурами по вопросам межконфессионального и межцивилизационного диалога.