Между Республикой Казахстан и Японией действуют:
Конвенция об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от налогообложения в отношении налогов на доход (вступила в силу в декабре 2009 г. и применяется с 1 января 2010 г.);
Соглашение о мирном использовании атомной энергии (вступило в силу 6 мая 2011 г.);
Соглашение о взаимной защите и поощрении инвестиций (вступило в силу 25 октября 2015 г.).
7 ноября 2016 г. в Астане состоялась церемония обмена вербальными нотами об освобождении от визовых требований владельцев дипломатических и служебных паспортов граждан РК и Японии с 1 января 2017 г.
15 марта 2021 г. подписано Соглашение в форме обмена нотами между Правительством Республики Казахстан и Правительством Японии о получении японского гранта в рамках Программы экономического и социального развития.
30 октября 2023 года в г. Астана был подписан Меморандум между Правительством Республики Казахстан и Правительством Японии о сотрудничестве в совместном механизме кредитования (JCM).
18 декабря 2025 г. в Токио Президент РК К.К. Токаев и Премьер-министр Японии С. Такаичи подписали Совместное заявление.
17–19 декабря 2025 г. в рамках официального визита Президента РК
К.К. Токаева в Японию было подписано 14 межправительственных и межведомственных документов.