Қазақстан Республикасы мен Жапония арасында:
Табысқа салынатын салықтарға қатысты қосарланған салық салуды болдырмау және салық салудан жалтаруға жол бермеу туралы конвенция (2009 ж. желтоқсанда күшіне еніп, 2010 ж. 1 қаңтардан бастап қолданыста болуда);
Атом энергиясын бейбіт мақсатта пайдалану туралы келісім (2011 ж.
6 мамырда күшіне енді);
Инвестицияларды көтермелеу және өзара қорғау туралы келісім
(2015 ж. 25 қазанда күшіне енді) қызмет етеді.
2016 ж. 7 қарашада Астана қ. ҚР мен Жапонияның дипломатиялық және қызметтік паспорт иелерін 2017 жылғы 1 қаңтардан бастап визалық талаптардан босату туралы вербальдық ноталар алмасу рәсімі өтті.
2021 жылғы 15 наурызда Қазақстан Республикасының Үкіметі мен Жапония Үкіметі арасындағы Экономикалық және әлеуметтік даму бағдарламасы шеңберінде жапон грантын алу туралы ноталармен алмасу түріндегі келісімге қол қойылды.
2023 жылғы 30 қазанда Астана қаласында Қазақстан Республикасының Үкіметі мен Жапония Үкіметі арасындағы кредиттеудің бірлескен механизмі (JCM) жөніндегі ынтымақтастық туралы меморандумға қол қойылды.
2025 ж. 18 желтоқсанда Токиода ҚР Президенті Қ.К.Тоқаев пен Жапония Премьер-министрі С.Такаичи Бірлескен мәлімдемеге қол қойды.
2025 ж. 17-19 желтоқсанда ҚР Президенті Қ.К.Тоқаевтың Жапонияға жасалған ресми сапары шеңберінде 14 үкіметаралық және ведомствоаралық құжатқа қол қойылды.