1991 ж. 28 желтоқсанда Жапония ҚР-дың тәуелсіздігін таныды.
1992 ж. 26 қаңтарда дипломатиялық қатынастар орнатылды.
1993 ж. қаңтарда Жапонияның ҚР-дағы Елшілігі ашылды.
1996 ж. ақпанда ҚР-дың Жапониядағы Елшілігі ашылды.
2024 ж. желтоқсаннан бастап ҚР-дың Жапониядағы Елшісі – Ерлан Баударбек-Қожатаев.
2024 ж. қазаннан бастап Жапонияның ҚР-дағы Елшісі – Ясумаса Ииджима.
Ең жоғары деңгейдегі байланыстар:
1994, 1999, 2008, 2016, 2019 жж. ҚР Президенті Н.Ә.Назарбаевтың Жапонияға сапарлары өтті.
2006 ж. Жапония Премьер-министрі Д.Коидзуми, 2015 ж. Жапония Премьер-министрі Ш.Абэ Қазақстанға сапар жасады.
2021 ж. 12 мамырда ҚР Президенті Қ.К.Тоқаев Жапония Премьер-министрі Ё.Сугамен телефон арқылы сөйлесті.
2024 ж. 9 тамызда ҚР Президенті Қ.К.Тоқаев Жапония Премьер-министрі Ф.Кишидамен телефон арқылы сөйлесті.
2025 ж. 17-19 желтоқсанда ҚР Президенті Қ.К.Тоқаев Жапонияға ресми сапар жасады.
2025 ж. 20 желтоқсанда ҚР Президенті Қ.К.Тоқаев «Орталық Азия + Жапония» Диалогының бірінші саммитіне қатысты.
Жоғары деңгейдегі байланыстар:
2002 ж. ҚР Мемлекеттік хатшысы – Сыртқы істер министрі Қ.К.Тоқаевтың Жапонияға ресми сапары өтті.
2004 ж. Жапония Сыртқы істер министрі Ё.Кавагучи Астанада өткен «Орталық Азия + Жапония» Диалогының 1-ші Министрлік кездесуіне қатысты.
2005 ж. ҚР Премьер-министрі Д.Ахметов Жапонияға сапармен барды.
2009, 2010 жж. ҚР Мемлекеттік хатшысы – Сыртқы істер министрі Қ.Саудабаевтың Жапонияға сапарлары өтті.
2012 ж. ҚР Сыртқы істер министрі Е.Ыдырысов Жапонияға сапармен барды.
2022 ж. Жапония Сыртқы істер министрі Ё.Хаяши Қазақстанға сапармен барды.
2022 ж. ҚР Премьер-министрінің орынбасары - Сыртқы істер министрі М.Тілеуберді Жапонияның бұрынғы Премьер-министрі Ш.Абэнің мемлекеттік жерлеу рәсіміне қатысты.
2022 ж. ҚР Премьер-министрінің орынбасары - ҚР Сыртқы істер министрі М.Тілеуберді ОАЖД 9-шы Министрлік кездесуіне қатысты (Токио қ.).
2023 ж. ҚР Премьер-министрінің орынбасары – Сыртқы істер министрі М.Нұртілеу Жапонияның Сыртқы істер министрі Ё.Камикавамен БҰҰ БА алаңында кездесті.
2024 ж. ҚР Сыртқы істер министрінің орынбасары Н.Нұрбаеваның Токио қаласына жұмыс сапары өтті.
2024 ж. Жапония Сыртқы істер министрінің орынбасары К. Цуджи Алматы қаласына жұмыс сапарымен барды;
2024 ж. ҚР Премьер-министрінің орынбасары – Сыртқы істер министрі М.Нұртілеу Жапонияның Сыртқы істер министрі Т.Иваямен телефон арқылы сөйлесті.
2025 ж. ҚР Премьер-министрінің орынбасары – Сыртқы істер министрі М.Нұртілеу Жапонияға ресми сапар жасады.
2025 ж. Жапонияның Сыртқы істер министрі Т.Ивая Қазақстанға қарымта сапармен барды.
Ядролық таратпау және қарусыздану саласындағы ынтымақтастық:
Жапония Семей өңірі бойынша БҰҰ БА қарарының тең авторы және 1999 ж. қыркүйекте Токио қаласында бұрынғы Семей полигоның проблемалары жөніндегі ірі халықаралық конференцияны өткізудің бастамашысы болды.
1998 ж. наурыздан бастап ҚР аумағындағы ядролық сынақтардың зардаптарын зерделеуге қатысты бірлескен жұмыстар жүргізілуде. Семей, Хиросима және Нагасаки қалаларының медициналық және қоғамдық мекемелері арасында тығыз байланыстар орнатылған.
Жапония 29 тамызды Халықаралық ядролық сынақтарға қарсы іс-қимыл күні деп жариялаған БҰҰ Бас Ассамблеясы қарарының тең авторы болды.