Медициналық білім беру басқармасының негізгі міндеттері мемлекеттік саясатты қалыптастыру және іске асыру, салааралық үйлестіруді жүзеге асыру және медициналық және фармацевтикалық білім беру саласындағы мемлекеттік басқару болып табылады.
Медициналық білім беру басқармасы қызметінің бағыттарының тізбесіне: денсаулық сақтау саласындағы бағдарламаларды әзірлеуге және іске асыруға қатысу, денсаулық сақтау саласындағы мамандардың салалық біліктілік жүйесін жетілдіру, медициналық жоғары оқу орындары, колледждер түлектерінің білімі мен дағдыларын тәуелсіз бағалау институтын енгізу жөніндегі іс-шараларды әзірлеу және іске асыру, медициналық және фармацевтикалық мамандықтардың номенклатурасы мен біліктілік сипаттамаларын жетілдіру, медицина кадрларын даярлауға арналған мемлекеттік білім беру тапсырысын орналастыру, денсаулық сақтау саласында, оның ішінде шетелде кадрлар даярлауды ұйымдастыру, негіздемелері бар бюджеттік өтінімдерді қалыптастыру және бекітілген бюджеттік бағдарламалардың (іс-шаралардың) іске асырылуын (орындалуын) қамтамасыз ету, Министрліктің стратегиялық және операциялық жоспарларын әзірлеуге қатысу және бекітілген республикалық бюджеттік бағдарламалар (іс-шаралар) бойынша олардың орындалуын қамтамасыз ету, жетекшілік ететін бюджеттік бағдарламаларды іске асыруға талдау және мониторинг жүргізу, медициналық және фармацевтикалық мамандықтар бойынша «Болашақ» халықаралық стипендиясын тағайындау үшін басым бағыттардың тізбесін қалыптастыру.
Медициналық білім басқармасының құзыретіне медициналық кадрларды жоспарлау және оларды даярлауға мемлекеттік білім беру тапсырысын орналастыру кіреді.
Медициналық білім беру басқармасының білікті мамандарымен қамтамасыз ету мақсатында жыл сайын бакалавриатта, интернатурада, резидентурада, магистратурада, докторантурада медицина кадрларын даярлауға мемлекеттік білім беру тапсырысы бөлінеді.