15 октября 1992 – образован Комитет государственного финансового контроля при Кабинете Министров Республики Казахстан, который входил в систему центральных органов государственного управления Республики Казахстан.
7 октября 1994 - Государственный комитет финансового контроля Республики Казахстан стал правопреемником упраздняемого Комитета государственного финансового контроля при Кабинете Министров Республики Казахстан.
19 октября 1995 года - Указом Президента РК от № 2541 «О совершенствовании структуры центральных исполнительных органов Республики Казахстан» был образован Комитет финансово-валютного контроля при Министерстве финансов Республики Казахстан с передачей ему полномочий по управлению имуществом и делами упраздненного Государственного комитета финансового контроля Республики Казахстан.
В 1998 году вышел Указ Президента о ликвидации Комитета финансово-валютного контроля при Министерстве финансов Республики Казахстан, функции которого были разделены между Комитетом казначейства и Комитетом государственного имущества и приватизации Министерства финансов Республики Казахстан.
22 декабря 1999 года вновь создан Комитет финансового контроля Министерства финансов Республики Казахстан постановлением Правительства Республики Казахстан № 1959 «Некоторые вопросы Министерства финансов Республики Казахстан».
29 октября 2004 года постановлением Правительства Республики Казахстан N 1134 «Некоторые вопросы Комитета финансового контроля и государственных закупок Министерства финансов Республики Казахстан» путем присоединения к Комитету финансового контроля Агентства Республики Казахстан по государственным закупкам образован Комитет финансового контроля и государственных закупок Министерства финансов Республики Казахстан.
24 апреля 2008 года № 387 постановлением Правительства Республики Казахстан «О некоторых вопросах Министерства финансов Республики Казахстан» Комитет финансового контроля и государственных закупок Министерства финансов Республики Казахстан переименован в Комитет финансового контроля Министерства финансов Республики Казахстан.
В настоящее время Комитет внутреннего государственного аудита Министерства финансов Республики Казахстан осуществляет в пределах своей компетенции реализационные и контрольные функции в сфере внутреннего финансового контроля, государственных закупок, аудиторской деятельности, бухгалтерского учета и финансовой отчетности.
Первым Председателем Комитета государственного финансового контроля при Кабинете Министров Республики Казахстан был нынешний Депутат Парламента Республики Казахстан, Аимбетов Сейтсултан Сулейменович. Далее Комитет возглавляли в разные годы - Ауанов Мырзахмет Кожахметович, Дербисов Ергешбай Жайлаубаевич, Аманбаев Мурат Ермуханович, Иванов Виктор Михайлович, Сутулов Федор Федорович, Налибаев Абдыкалык Закирович, Султангазин Ануарбек Жалелович, Бейсембаев Мухтар Танатович, Джумадильдаев Ануар Серкулович , Сарсенов А.У., в настоящее время Ахметов Азамат Куатович.
В соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан от 3 мая 2016 года № 264 «О некоторых вопросах Министерства финансов Республики Казахстан» КФК переименовано в ГУ «Комитет внутреннего государственного аудита МФ РК».