Мемлекеттік аудит және қаржылық бақылау саласында бақылау және қадағалау субъектісіне (объектісіне) барып жүргізілетін профилактикалық бақылауды тек бақылау нысаны ретінде ғана емес, сонымен қатар заң бұзушылықтардың алдын алу мен бақылау объектілеріне әдістемелік көмек көрсету тетігі ретінде қарастырған жөн.
Профилактикалық бақылаудың негізгі мақсаты – санкциялар қолдану үшін бұзушылықтарды анықтау емес, қаржылық құқық бұзушылықтардың алдын алу, бюджет қаражатын пайдалану тиімділігін арттыру және квазимемлекеттік сектор субъектілері мен өзге де бақылау объектілеріне Қазақстан Республикасы бюджет және өзге де заңнамасының талаптарын сақтауына жәрдем көрсету болып табылады.
Профилактикалық бақылау барысында мемлекеттік аудит және қаржылық бақылау органының мамандары бақылау объектісіне барып, қаржы-шаруашылық қызметтің жекелеген мәселелерін зерделейді, ықтимал тәуекелдерді талдайды және заңнама нормаларын қолдану бойынша түсіндіру жұмыстарын жүргізеді. Бұл ретте бюджетті жоспарлау және атқару, бухгалтерлік есепті жүргізу, мемлекеттік сатып алуларды жүзеге асыру, мемлекеттік активтерді басқару және қаржылық тәртіпті сақтау мәселелеріне ерекше назар аударылады.
Профилактикалық бақылаудың маңызды ерекшелігі – оның алдын алу сипаты. Анықталған кемшіліктер мен бұзушылықтарды жою және болашақта қайталануына жол бермеу бойынша шаралар қабылдауға негіз болады. Бақылау объектісіне өз қызметін заңнама талаптарына сәйкестендіру үшін қажетті шараларды өз бетінше қабылдауға мүмкіндік беріледі.
Сонымен қатар профилактикалық бақылау консультациялық функцияны да атқарады. Мамандар нормативтік құқықтық актілердің талаптарын түсіндіреді, жиі кездесетін қателіктер мен тәуекелдерге назар аударады, қаржылық басқару мен ішкі бақылау процестерін жетілдіру бойынша ұсынымдар береді.
Мұндай тәсіл лауазымды тұлғалардың құқықтық және қаржылық сауаттылығын арттыруға, қаржылық тәртіпті нығайтуға және тиімді ішкі бақылау жүйесін қалыптастыруға ықпал етеді. Нәтижесінде құқық бұзушылықтардың орын алу тәуекелі төмендеп, бюджет қаражатының тиімсіз пайдаланылуы мен қаржылық шығындардың алдын алуға мүмкіндік туады.
Осылайша, мемлекеттік аудит және қаржылық бақылау жүйесіндегі бақылау және қадағалау субъектісіне (объектісіне) барып жүргізілетін профилактикалық бақылау жазалау шарасы емес, құқық бұзушылықтардың алдын алуға, мемлекеттік ресурстарды басқару сапасын арттыруға және бақылау объектілеріне олардың қызметінің заңдылығын, ашықтығын және тиімділігін қамтамасыз ету мақсатында практикалық көмек көрсетуге бағытталған тиімді құрал болып табылады.