
Обновленным Законом Республики Казахстан «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения» (2002г.) проведена очередная реорганизация системы обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения. Санитарно-эпидемиологические станции преобразованы в Департаменты государственного санитарно-эпидемиологического надзора и Центры санитарно-эпидемиологической экспертизы. Единство деятельности образованных структур достигалось подчиненностью областных Центров санитарно-эпидемиологической экспертизы Департаментам государственного санитарно-эпидемиологического надзора, также приоритетным выполнением государственного заказа по номенклатуре и объему лабораторных исследований.
В результате проводимых реформ в 2009 году в санитарно-эпидемиологической службе была создана вертикальная система управления – Департаменты государственного санитарно-эпидемиологического надзора и Центры санитарно-эпидемиологической экспертизы областей, гг. Астаны и Алматы из ведения местных исполнительных органов (акиматов) были переданы в ведение Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора Министерства здравоохранения (на республиканский уровень). Объемы и целенаправленность лабораторных исследований для Центров санитарно-эпидемиологической экспертизы определяли Департаменты государственного санитарно-эпидемиологического надзора.
В рамках реализации Государственной программы «Саламатты Казахстан» на 2011-2015гг. проведена оптимизация сети Центров санитарно-эпидемиологической экспертизы путем ликвидации 5-ти региональных Центров на транспорте и передачи их функций областным Центрам. На конец 2011 года общее количество Центров санитарно-эпидемиологической экспертизы и их филиалов составляло 209 учреждений. Все Центры санитарно-эпидемиологической экспертизы получили аккредитацию на соответствие стандартам ИСО. На их базах организованы 5 зональных вирусологических лабораторий, 3 специализированные лаборатории по контролю за безопасностью пищевых продуктов. В деятельность лабораторий внедрена система внешней оценки качества. Проведена модернизация 11-ти Центров современным лабораторным оборудованием по безопасности пищевых продуктов. Активно стали внедряться экспресс исследования, и для этих целей приобретены приборы по определению бактериологических и химических веществ экспресс методами.