
«Халықтың санитариялық-эпидемиологиялық салауаттылығы туралы» Қазақстан Республикасының жаңартылған заңымен (2002 ж.) халықтың санитариялық-эпидемиологиялық саламаттылығын қамтамасыз ету жүйесі қайта ұйымдастырылды. Санитариялық-эпидемиологиялық станциялар Мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық бақылау департаменттері және санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтары болып қайта құрылды. Құрылған құрылымдардың біртұтас қызметі облыстық санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтарының Мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық бақылау департаменттеріне бағыныстылығына, сондай-ақ зертханалық зерттеулердің номенклатурасы мен көлемі бойынша мемлекеттік тапсырысты орындау басымдылығына қол жеткізілді.
2009 жылы жүргізілген реформалардың нәтижесінде санитариялық-эпидемиологиялық қызметте вертикальды басқару жүйесі құрылды – Мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық бақылау департаменттері мен облыстардың, Астана және Алматы қалаларының санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтары жергілікті атқарушы органдардан (әкімдіктерден) Денсаулық сақтау министрлігінің (республикалық деңгейдегі) Мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық қадағалау комитетінің қарамағына берілді. Санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтары үшін зертханалық зерттеулердің көлемі мен нысаналы бағытын Мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық бақылау департаменттері анықтады.
2011-2015 жылдарға арналған «Саламатты Қазақстан» мемлекеттік бағдарламасын іске асыру шеңберінде көліктегі 5 өңірлік орталықты тарату және олардың функцияларын облыстық орталықтарға беру арқылы санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтарының желісін оңтайландыру жүргізілді. 2011 жылдың соңына қарай санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтары мен олардың филиалдарының жалпы саны 209 мекемені құрады. Барлық санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталығы ISO стандарттарына сәйкестігіне аккредиттелді. Олардың базасында 5 зональды вирусологиялық зертхана, тамақ өнімдерінің қауіпсіздігін бақылау бойынша мамандандырылған 3 зертхана ұйымдастырылды. Зертханалар қызметіне сапаны сыртқы бағалау жүйесі енгізілді. 11 орталық заманауи зертханалық жабдықтармен жарақталды. Жедел зерттеулер белсенді түрде енгізілді және осы мақсаттар үшін бактериологиялық және химиялық заттарды жедел әдістермен анықтауға арналған құралдар сатып алынды.