Тәуелсіздікке қол жеткізілгеннен кейін обаға қарсы қызмет тарихында жаңа кезең басталды.
1991 жылы республиканың обаға қарсы қызметі Қазақстан Республикасының Денсаулық сақтау министрлігінің қарауына өтті.
1992 жылғы қаңтарда КСРО Денсаулық сақтау министрлігінің Орта Азия обаға қарсы институты ҚР Денсаулық сақтау министрлігінің Қазақ обаға қарсы ғылыми-зерттеу институты (ҚОҒЗИ) болып қайта құрылды.
Сонымен қатар республиканың обаға қарсы станциялары қайта ұйымдастырылып, ведомстволық обаға қарсы қызметтер таратылды.
2001 жылы ҚОҒЗИ Масғұт Айқымбаев атындағы Қазақ карантиндік және зооноздық инфекциялар ғылыми орталығы болып қайта аталды.