Обаға қарсы қызмет тарихындағы маңызды кезеңдердің бірі — 1949 жыл.
КСРО Денсаулық сақтау министрлігінің 1948 жылғы 9 желтоқсандағы № 739 бұйрығына сәйкес, 1949 жылғы 1 қаңтардан бастап Алматы обаға қарсы станциясы Қазақстан мен Орта Азия республикаларындағы обаға қарсы мекемелердің ғылыми-әдістемелік орталығы ретінде Орта Азия ғылыми-зерттеу обаға қарсы институты (ОАҒЗОҚИ) болып қайта ұйымдастырылды.
Институттың қалыптасуының алғашқы онжылдықтарында оның басшылары Мұхамедрахим Қуандықұлы Тілеуғабылов (1949–1962 жж.) және Масғұт Айқымбаейұлы Айқымбаев (1962–1987 жж.) болды.
Институттың құрылуы аса қауіпті инфекциялармен күресте жекелеген обаға қарсы бөлімшелерден бірыңғай ғылыми және ұйымдастырушылық жүйеге көшу жолындағы маңызды кезең болды.
1970 жылы институт Қазақстан мен Орта Азия республикаларындағы 18 обаға қарсы станцияға ғылыми-әдістемелік басшылық жасады.