Масғұт Айқымбаев атындағы Ұлттық аса қауіпті инфекциялар ғылыми орталығының тарихы 1930 жылдан бастау алады.
Қазақ АКСР Орталық атқару комитеті атындағы Өлкелік санитариялық-бактериологиялық институт жанынан Алматы обаға қарсы зертханасы және обаға қарсы зерттеу жасақтары құрылды. Олардың негізгі міндеті обаның табиғи ошақтарына эпидемиологиялық бақылау жүргізу және індетке қарсы іс-шараларды ұйымдастыру болды.
1934 жылы Алматы обаға қарсы зертханасы «Микроб» Өлкелік обаға қарсы институтына бағынатын дербес Алматы обаға қарсы станциясы болып қайта құрылды.
1930 жылдары құрылған бұл бөлімшелер обаға қарсы ғылым мен практикалық қызметтің одан әрі дамуына негіз болды. Кейін олардың жинақтаған тәжірибесі ірі ғылыми-әдістемелік орталықты құрудың негізіне айналды.