Маңызды кезеңдердің бірі — 1994 жылы Қазақстан Республикасының «Халықтың санитариялық-эпидемиологиялық саламаттылығы туралы» Заңының қабылдануы болды. Аталған заң егемен Қазақстан халқын санитариялық-эпидемиологиялық қамтамасыз ету жүйесінің жұмыс істеуінің құқықтық негіздерін айқындады.
Осы кезеңде санитариялық-химиялық, токсикологиялық, вирусологиялық, бактериологиялық және паразитологиялық зертханалардың, сондай-ақ физика-химиялық зерттеу әдістері мен радиациялық гигиена зертханаларының материалдық-техникалық базасы нығайтылды.
Республикалық санитариялық-эпидемиологиялық станцияның бастамасымен 1996 жылға қарай 12 облыста және Алматы қаласында облыстық токсикологиялық зертханалар ашылды. Сонымен қатар санитариялық-эпидемиологиялық қызметті тұтастай реформалау жұмыстары жалғасты.
Заңнамаға сәйкес бірыңғай мақсаттар мен міндеттерді көздейтін екі дербес құрылым құрылды: мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық қадағалау органдары және қалалық әрі аудандық деңгейлерде филиалдары бар санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтары.
Бұл кезең санитариялық-эпидемиологиялық қадағалау мен зертханалық сараптаманы ұйымдастырудың заманауи моделіне көшудің маңызды кезеңі болды.