Басқарманың міндеттері сыртқы көші-қон және босқындар саласындағы мемлекеттік саясатты қалыптастыру және іске асыру, Қазақстан Республикасының босқындар туралы заңнамасының сақталуына мемлекеттік бақылауды жүзеге асыру болып табылады.
Сонымен қатар, Басқарма нормативтік құқықтық актілерді, босқын мәртебесін беру туралы өтінішті, босқын куәлігінің үлгісін тіркеу және қарау тәртібін, босқындар бойынша орталықтандырылған деректер базасын қалыптастырады.