Басқарманың міндеттері мемлекеттік саясатты қалыптастыру және іске асыру, ішкі көші-қон және еңбек ұтқырлығы саласындағы саясатты салааралық үйлестіруді және мемлекеттік басқаруды жүзеге асыру және іске асыру мониторингі болып табылады.
Бұдан басқа, Басқарма ішкі көші-қон және еңбек ұтқырлығы саласындағы бағдарламаларды әзірлейді және іске асырады, сондай-ақ өз құзыреті шегінде нормативтік құқықтық актілерді бекітеді, өңірлік квотаны белгілейді және қандастар мен қоныс аударушыларды қабылдау квотасын қалыптастыру жөнінде ұсыныстар әзірлейді.